Op het Gertrudiscollege krijgt de leerlingbegeleiding vooral vorm via het mentormodel. De mentor is de spil van de begeleiding. Hij heeft de zorg voor een klas of groep leerlingen. Voor leerlingen en ouders is de mentor het eerste aanspreekpunt. De mentoren krijgen in de begeleiding van de leerlingen ondersteuning van de leerjaarcoördinatoren. De mentoren begeleiden de leerling, zij kunnen de wijze waarop zij dit doen op hun eigen manier invullen. Mentoruren zijn ingeroosterd. De mentor vervult een belangrijke rol in het signaleren van problemen bij leerlingen en probeert die samen met de ouders en hun kind op te lossen.