Het Gertrudiscollege is een scholengemeenschap voor Vmbo tgl, Havo en VWO. Dat laatste wil zeggen, dat er zowel een gymnasium- als een atheneumopleiding is. 

Leerlingen van de VwoTop-brugklas volgen gedurende een half jaar het vak Klassieke Oudheid waarin zij een beeld kunnen vormen van het gymnasium. Havo/Vwo-brugklassers kunnen zich inschrijven voor een aantal oriëntatielessen. Het eigenlijke gymnasium-programma begint in het tweede schooljaar. In het tweede en derde jaar krijgen de leerlingen beide klassieke talen, Latijn en Grieks. In het vierde jaar kan een van deze talen afvallen. Het eindexamen gymnasium moet in tenminste één klassieke taal worden afgelegd. 

In de bovenbouw volgen de leerlingen, anders dan havo- en atheneumleerlingen die het vak CKV (culturele en kunstzinnige vorming) volgen, het vak KCV (klassieke culturele vorming).

 

Gymnasiasten van het Gertrudiscollege hebben in de derde klas de mogelijkheid deel te nemen aan een meerdaagse excursie naar Griekenland, in de vijfde klas kunnen zij deelnemen aan een excursie naar Rome. Jaarlijks is er een “dag van het gymnasium” op school met een cultureel programma. Naar gelang het aanbod bezoeken de leerlingen ook wel opvoeringen van antieke tragedies in de schouwburg.