Het Gertrudiscollege heeft drie counselors. Twee daarvan zijn speciaal daartoe opgeleide docenten. Eén ervan is werkzaam bij het School Maatschappelijk Werk. Zij voeren op afspraak gesprekken met leerlingen, die problemen hebben en/of raad nodig hebben en daar met iemand in vertrouwen over willen praten.

Een afspraak met de counselor verloopt altijd via de leerjaarcoördinator.